Inom Sjöfartshusets väggar har fyra föreningar sin verksamhet och kansli alla med kopplingar till sjöfarten.
Ångfartygs Befälhavare sällskapet i Stockholm (ÅB)
Alla som har avlagt svensk sjökaptens- eller styrmansexamen, som medger befattning som styrman i obegränsad fart och storlek eller avlagt motsvarande utländsk examen enligt medgiven resolution av behörig svensk myndighet, kan vinna inträde i Sällskapet.
Sjömannaföreningen
För att bli medlem i föreningen ska man:Sjökaptenssocieteten
För att bli medlem ska man vara:
Neptuni Orden
Neptuni Orden har som sin uppgift att genom understöd hjälpa sjömän och efterlevande samt att utöva hjälpverksamhet bland sina medlemmar. Avkastningen av donationer, testamentariska förordnanden och gåvor, är basen för Neptunihjälpen.